Je suis dans la même situation que celui du post original :
j'ai un MKV contenant une vidéo RV9. Je m'en sort pas avec les 2 outils que tu as proposé. Je doute qu'extraire une vidéo RV9 d'un fichier MKV soit possible avec ces 2 outils en fait.
Le 1er (Mkv Toolknix) : quand j'utilise mkvextract sur la piste 1 (ma vidéo RV9), il me dit qu'il ne peux extraire que les vidéo dont le "codecID" est V_MS/VFW/FOURCC, donc impossible d'extraire . C'est surement dû au fait que la vidéo est en RV9, j'ai en effet constaté avec mkvinfo que le "CodecID" est par celui que mkvextract sait traiter.  
Du coup j'ai tenté de me rabbatre sur rmfactory, mais, si c'est possible, je vois vraiment pas comment bosser sur du MVK avec...