Hello,
Je ne comprends pas trop ta question : si tu es salarié, tu as forcément une caisse d'assurance maladie donc tu perçois l'équivalent de ton salaire.
Le seul "modulo" qui dépend de ton entreprise est de savoir si celle-ci t'avance le remboursement secu (donc transparent pour toi) ou si tu dois attendre le remboursement toi-même (qui peut prendre je crois jusqu'à 2/3 mois).