Nan, mais très franchement, des bat en ligne de commande c'est loin d'être la mort
Au pire, effectivement, tu peux même te faire une table qui contient le nom des scripts à lancer, et exécuter ces derniers à l'aide d'un xp_cmdshell.
Faire un prog .NET juste pour effectuer un extract sous forme de fichier texte d'une requête, c'est une perte de temps, et tu ne gagneras rien niveau fonctionalités.
N'aie pas peur des *.bat, c'est monnaie courante. Suffit de voir tout le bordel que les admins collent dans le cron d'un Unix pour se rendre compte que c'est au contraire une solution à la fois courante et efficace.
Les jobs de SQL Server doivent se limiter à des oppérations uniquement au niveau de la base (maintenance, backups, etc.).