La difficulté principale réside dans la compréhension de la séparation entre le poste client et le serveur.
Le PHP et le Javascript ne sont donc pas interchangables. Ils sont complémentaires. L'un travaille sur le serveur, l'autre sur le poste client.
Beaucoup de choses sont interdites sur le poste client, pour des raisons de sécurité, par exemple lire ou écrire des données locales sauf des cookies.
Beaucoup de choses ne peuvent pas être faites du côté du serveur car l'interactivité se fait par soumission de formulaires, sauf si on fait de l'Ajax ou du RSS qui sont un peu lourds néanmoins. Les menus se gèrent du côté client (donc c'est la galère) car il faut répondre immédiatement au passage de la souris, mais ils peuvent être préparés du côté PHP.
Pour les variables, le PHP est assez classique, sauf, peut-être, pour les tableaux, que le PHP gère d'une manière differente du C et du Basic pour être plus pratique. Le principal petit piège pour les débutants en PHP est la différence entre les guillemets et les apostrophes.
Bon courage !