Si t'as pas encore trop de données dessus et que tu en as encore la possibilité, je te conseille de passer ton FS en XFS, il gère nativement les quotas (faut juste les activer au montage), et ne nécessite pas toute la maintenance qu'imposent les quotas ext2/3.
Et ca gère les quotas de projet (donc par répertoire, ce que tu sembles vouloir)
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Ce n'est point ma façon de penser qui a fait mon malheur, c'est celle des autres.