Le systeme de gestion des paquets dépend de la distrib linux et je ne vois pas en quoi par exemple le système apt de debian est "fouillis". Par contr effectivement pour les distribs utilisant rpm ca peut parfois être le bordel par rapport aux dépendances et versions des librairies. Mais dans la plupart des cas ca marche bien. Je ne connais pas le systeme de bsd pour en parler mais à moins de tout compiler, je ne vois pas en quoi il est moins fouillis, la seule raison que je vois c'est qu'il y a beaucoup moins de paquets disponibles.
Mais je connais mal les bsd.
Apprendre bsd ca aide pour apprendre linux et l'inverse est vrai aussi (standard POSIX, respecté pour les deux avec quelques différences, mais surtout de nombreux points communs, une interface graphique commune (kde, gnome, etc...))
Après les outils réseau sont différents, par exemple le firewall est assuré par pf sur les bsd, et iptables sur linux.
Mais pour les commande standard la syntaxe est quasiment la même.