Voilà ce que j'aurait fait :
Tu sélectionne les face que tu veux smoother, et tu les détache avec "detach",
puis tu sort de ton modifier et tu selectionne l'objet, et là tu aplique ton smooth !
Après tu peut réassembler les 2 objet avec "attach", dans le modifier "mesh edit"
Voilà, il y a surement d'autres solutions et je serait bien curieux de les connaitre !