Ces conditions doivent être écrites dans le contrat que tu signes au début avec l'auto-école, sinon tu es tout à fait en droit de réclamer leur remboursement.
C'est typiquement le genre de truc à négocier et à mettre par écrit lors de l'inscription. Ca ressemble assez furieusement aux banques qui font payer des frais de clôture de compte...
Par ailleurs, si comme tu dis il n'y a plus rien à transmettre à la préfecture, il te suffit donc de dire "merci et aurevoir" à l'auto-école, pour aller t'inscrire dans une autre...la précédente ne peut pas t'en empêcher.
Maintenant, comme le dit Ledingue, une auto-école qui voit arriver un client qui a déjà des leçons de conduite va probablement peu apprécier la manip', sauf à arguer que la précédente auto-école avait des pratiques illégales ou du moins peu professionnelles, etc...