Perso j'ai pratiqué SCCM (2007/2012), un peu Altiris, un tout petit peu LanDesk.
Ils font l'affaire pour ce que tu demandes.
Altiris j'avais bcp de mal avec la lourdeur de l'interface (que du web, mélange d'html, applet java, silverlight qui plante dans tous les sens et super lent), par contre ça faisait pas mal le boulot. L'intégration à l'AD bof mais faisable.
Landesk me semblait assez bien fait pour le déploiement d'appli et les query mais j'ai pas assez d'xp pour juger.
SCCM est assez complexe, fait de jolis rapports, par contre je vois pas d'info pour tes "commentaire sur le package". Pour la modification de paramètre ça va dépendre de ce que c'est comme param, si une copie de fichier suffit ou une clé de registre, ça va, sinon ça va etre plus complexe et va falloir développer qqch (msp ou autre). L'intégration à l'AD pas de pb, il découvre tes groupes, tu mets tes ordinateurs dedans et tu crées tes collections en te basant sur les groupes, c'est ce que font bcp de clients pour tout gérer dans l'AD plutôt que dans sccm