Le boot.ini, comme tu le sais, est celui à C:\ - le seul qui est appelé/consulté lors du boot.
Je n'ai pas la machine en question sous la main (mais je l'ai installée de A à Z donc exclue la piste que quelqu'un a fait une autre manip avant moi), mais de mémoire, tous les fichiers nécessaires au boot 98 sont à la racine de sa partition système (X
Le fichier contenant le secteur de boot 98 (bootsect.dos par défaut) est copié à C. Au passage, les scripts de Bellamy peuvent planter dans certains cas si on enlève pas la première ligne (@echo off) de chaque.
Bien entendu, puisque C est en NTFS, les lettres de partition vues sous XP et sous 98 sont différentes (X: sous XP devient C: sous 98).
Ceci dit, il n'est pas impossible que j'oublie une manip supplémentaire (bien que là, je ne vois pas) mais une chose sûre et certaine, c'est que je n'ai jamais de ma vie fait appel à un gestionnaire de boot autre que celui de XP et GRUB pour duel Win/Linux sur ma propre machine à moi.