J'ai utilisé winscp au taf ces derniers mois. On transférait une appli java complète sur un serveur de gestion de conf, donc plusieurs centaines de Mo en plusieurs centaines de fichiers, en 2 glisser-lacher : un pour sélectionner les dossiers, un autre pour lancer le transfert.
Je ne comprends pas pourquoi il te faut confirmer. Pas d'option ou de case à cocher qui va bien (j'avoue, je ne sais plus, et je le l'utilise pas chez moi. Pour les quelques ftp dont j'ai besoin, firefox me suffit).