Depuis Win2003 R2, il y a une gestion de quotas intégrée dans la console de gestion des ressources. Je ne parle pas de la bouse qui se trouve dans les propriétés du disque du serveur.
Sous 2008 R2, vérifie simplement que dans ton rôle Service de fichiers, tu as le service de rôle "Gestion de ressources du serveur de fichiers" installé.
Dans le gestionnaire de ressources, tu as une zone Gestion de quotas. Tu peux y créer des modèles, spécifier des quotas différents par dossier, etc.