J'ai eu un problème similaire, impossible de reencoder des mpeg avec ripp-it, alors que ça fonctionnait bien jusque là.
J'ai suivi la procédure de desinatllation d etous les codecs et filtres de zebulon.fr.
http://www.zebulon.fr/astuces/astuce-windows-133.html
Installation du Ripp-it codec Pack à minima, ffdshow pour la lecture (cases mpeg1 et mpeg2 cochées à l'install, et du xvid pour l'encodage, tout est rentré dans l'ordre.