Salut,
Le changement de conteneur, de mkv vers MP4, oui pas de problème. Avec ffmpeg + éventuellement une interface plus friendly-user, type Video Container Changer v1.1 http://www.videohelp.com/tools/Video-Container-Changer . Ou avec MP4Box : http://gpac.wp.mines-telecom.fr/mp4box/
Par contre, de mémoire, autant le container mkv gère aisément les sous-titres, autant AVI & MP4, ça risque d'être un plus compliqué : http://en.wikipedia.org/wiki/Compa [...] er_formats
Le plus simple hors mkv serait sans doute de lire les fichiers de sous-titres séparément, en externe.
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"Avec un escalier prévu pour la montée, on réussit souvent à monter plus bas qu'on ne serait descendu avec un escalier prévu pour la descente" (devise Shadok)