Tu peux tagger des WAV avec MP3Tag, Foobar et plusieurs autres logiciels. Mais il n'y a pas de standard, ils ne seront pas ou mal lus par la plupart des lecteurs PC et par aucun lecteur hardware (baladeur, lecteur CD etc.). Donc oui, il vaut mieux convertir tes fichiers en FLAC pour pouvoir les tagger. De toute façon, le format WAV n'a que des inconvénients et aucun avantage. 
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Qui peut le moins peut le moins.