Je t'ai donné un lien (sur "JNI" ) vers le site de JavaSoft. Ces pages décrivent tout du JNI : comment l'utiliser, le guide de référence des fonctions JNI, etc.
Le principe est tu déclares certaines de tes méthodes comme "native" dans tes classes Java, et tu écris des fonctions C respectant leur prototype. Et là, comme tu es en C, tu peux appeler tout ce que tu veux comme autres fonctions C.
Voir le site de JavaSoft pour plus de détails. Désolé de ne pas en dire plus, mais il y en a des pages et des pages...