XSL se sert de DOM qui se sert de SAX.

 
+1 : on ne peut pas les comparer vu qu'ils ne se situent pas au même niveau.
 
En schématisant :  
 - SAX intervient pour le parsing d'un fichier XML
 - DOM est la représentation en mémoire de l'arbre XML (construit via SAX)
 - XSLT gère la création d'un arbre XML en sortie à partir d'un où plusieurs arbres en entrée
 
Et pour répondre à ta question : quelle que soit les différences de structure entre tes 2 DTD, XSLT est la solution à ton problème

ou que tu aprennes le XSL ...
logiquement tu peux passer de n'importe quel format de XML à n'importe quel autre ... c'est bien puissant le XSL ...

oki