Pour msdos/win3.1: t'a le shell batch (.bat) et à partir de Win9x t'as le vbscript qui est très puissant. Pour les winnt y'a aussi les .cmd (un batch étendu mais spécifique).
Pour Linux ben ça dépend ce qe t'installe mais y'en a une tripotée: sh, csh, bash, ksh je dirais (par défaut) et peut être perl.