Déjà, tu décoches la structure.
Ensuite, quand tu exportes une table, il y'a une option "Exporte X enregistrement(s) à partir du rang n°Y"
Il suffit de voir où s'arrète ta table non-updaté (X) et d'y mettre les Y enregistrements restant de la table updaté.
C'est une solution qui demande un travail manuel, mais au moin tu n'auras pas à mettre ta base offline.
Après, tu as peut être la case "Ignorer les erreurs de doublons (INSERT IGNORE)" qui va se servir de la clé primaire (j'espère que tu en as, hein hein) et qui peut faire ce travail automatiquement.