> les id en auto_increment sont il des index à la base ?
Oui, obligatoirement. Un champ en auto_increment doit être indexé.
> cad, est ce que je dois mettre des index dessus ?
Oui, tu n'as pas le choix. Tu aurais un message d'erreur en créant une table sans définir de clef sur un champ en auto_increment ("#1075 - Incorrect table definition; There can only be one auto column and it must be defined as a key" )
> Est ce que il vaut mieux faire un index sur une seule collone sachant que ainsi il sera plus léger, ou le faire sur plusieurs collone au risque qu'il soit plus lourd mais plus complet ?
Tout dépend de l'utilisation que tu fais de tes tables Si tu as un index composé sur (champ1 - champ2) et que tu as une requête de type SELECT [...] WHERE champ1 = $y AND champ2 = $x alors oui, il te sera utile. Dans le cas contraire privilégie un index sur une seule colonne