si tes tables sont utilisées en permanence, c'est qu'un de tes scripts doit merder. Vu que ta pas le controle sur ta db, voici ce que je te propose de faire:
Arrète ton site, désactive toutes tes pages.
Attend que MySQL ferme les connexions avec son timeout intégré
Sauve ta DB
Réexamine tes scripts chez toi, en local, pour voir si tu n'a rien qui merde