Je doute très fortement que depuis access tu puisses faire ça, puisqu'Access n'intègre pas de scheduler...
T'es obligé de faire une routine shell (.BAT, VBS ou autre programme) qui fait ça.
Le mieu, c'est de couper IIS pendant le temps de la copie, ça t'évitera :
-> De niquer ta base
-> De planter ta copie à cause d'un verrouillage du fichier
-> De produire un comportement inantendu du site
PS: dans un délais le plus bref, étudie la migration vers un autre SGBD. Access est un petit SGBD qui a de très grandes qualités, mais qui n'est pas du tout adapté au Web, donc avant qu'il ne soit trop tard, je te conseille grandement de trouver un hébergeur qui propose SQL Server / Oracle / PostGre / MySQL pour ne citer que les 4 principaux acteurs du marché du Web. Les deux premier sont peut-être un peu cher, les deux second sont gratuits