Je ne suis pas certain d'avoir bien compris ce que tu veux, mais si c'est pour générer dynamiquement le .js avec du PHP, tu peux essayer çà :
<SCRIPT language=JavaScript src="script_js.php"></SCRIPT>
Avec "script_js.php" qui est un script php dont la "sortie" est l'équivalent d'un .js normal.
C'est comme pour les images avec la lib gd.
Exemple :
OK ?
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Laissez l'Etat dans les toilettes où vous l'avez trouvé.