Pourquoi quand je compile mon appli sous eclipse, mon fichier XML de configuration de log4j est supprimé ?
 
le XML se situe dans WEB-INF/classes

Il faut placer ton fichier dans le répertoire des sources (ou modifier les règles de construction de ton appli).

 
Il faut surtout désactiver l'option qui dit: "réinitialiser le répertoire de génération des classes avant chaque compilation"
 
Chais plus où c'est !!!