Surtout, ne precise pas le message d'erreur, ca nous aiderait trop.
Sinon moi quand j'ouvre un fichier jar, je vois les fichiers qu'il y a dedans, donc je suppose que tu voulais dire que tu executes une certaine classe de ton fichier jar? Si c'est le cas, ca sent le probleme de classpath a des kilometres: si tu executes une classe directement avec l'executable Java (ce qui je presume se passe lorsque tu dis "ouvrir ton fichier jar" ), il ne "connait" de base aucune librairie, donc il faut que tu lui fournisse le path vers les librairies que tu utilises dans ta classe (probablement ici, celles qui definissent les classes BufferedReader et FileReader, mais t'en auras surement d'autres plus loin dans ton code).
Ca marche sous Eclipse parce que Eclipse connait les references par defaut je suppose.
M'enfin je dis peut-etre de la merde, mais comme dit plus tot, tant que tu nous dis pas ton message d'erreur, c'est dur de deviner. Avec le message ca devrait etre bien plus facile, vu que ca donne le type d'erreur ET la ligne de code ou l'erreur survient...
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C'était vraiment très intéressant.