Oui, c'est toute l'exécution du processus qui est mise en pause. Le programme est "figé", mais il reprend son exécution exactement à l'endroit où il s'était endormi.
Peut être qu'il s'endort, mais ne se réveille jamais
edit : après une très brêve recherche, il semblerait que, effectivement, wait() endort indéfiniment en attendant que quelqu'un d'autre (un autre thread) le réveille
Reste donc à le réveiller, avec la méthode notify() semble t'il