y'a pas de "mieux" ou de "moins bien", tu choisis en fonction de tes besoins.
tu utilises des libs testées et approuvées : pas besoin de trifouiller, lien direct.
tu veux rajouter des fonction js mais toujours les garder dans un fichier à part, tu utilises un deuxième .js.
tu a un langage script côté serveur : tu peux forcer le refresh du .js à chaque fois, mais ce n'est pas une super solution, car beaucoup deviennent assez gros et bloquent l'affichage de la page tant qu'ils ne sont pas chargés.
une solution sympa : tu utilises un script serveur, par exemple tu génères du php qui est toujours dynamique. tu n'as qu'un fichier js que tu veux pouvoir modifier à volonté et que n'importe quel navigateur recharge après modifs : tu utilises comme lien non pas script.js, mais script.js?identifier, où 'identifier' est un champ que tu changes dès que tu veux que le navigateur recharge ton fichier. comme le nom n'est pas dans l'historique du browser, le fichier sera rechargé.