Bonjour, dans le cadre d'une étude, je doit extraire AU MIEUX les noyaux sur cette image afin de les quantifier:  
 

 
La qualité est pas terrible mais je n'est pas beaucoup de marche de manoeuvre.. (vais tester une correction de fond).
J'ai à peu prés réussi à les extraire en seuillant sur la composante R mais c'est avec des valeur de seuillage manuelles et je cherche quelque chose d'automatique (car je doit réaliser des quantifications sur d'aute image basées sur la mémé coloration (HES)).  
 
J'ai testé des techniques de segmentation couleur à base de ligne de partage des eaux mais ca ne donne pas de résultats satifaisants (peut être mal fait alrs si quelqu'un teste et que ca marche suis preneur   )
 
J'ai aussi testé sur d'autre espaces de couleurs (HSL, Lab, Luv...) mais pareil, fau dire que l'image est pas géniale.
 
Quelqu'un à t'il une idée ? (technique, algo... pour l'instant j'utilise pandore qui est une librairie de traitement d'image écrite en C++)
 
Je cherche aussi a segmenter les fibres (en rose-violet) et là j'ai carrément rien qui marche. Suis désespéré    
 
Je remerci d'avance celui qui en auait une ^^

vu la tête de ton image, une analyse de l'histogramme devrait sûrement faire apparaître 3 pics (couleur du fond, couleur des fibres, couleur des noyaux). Tu devrais donc être en mesure sans trop de problèmes de faire un seuillage adaptatif pour sortir tes noyaux.

Merci d'avoir répondu ^^
 
C'est ce que j'ai pensé au départ. Il existe bien un pic pour les fibres (que j'ai a peu près réussi a extraire  je doit maintenant trouver quelque chose pour les séparer (calcul de leur largeur moyenne)). Par contre pour les noyaux, là ya quasiment rien sur l'histo pour les séparer.

pour distinguer les noyaux des fibres, tu pourrais peut-être utiliser une technique plus complexe de seuillage (je pense notamment à de la maximisation d'entropie parce que c'est la seule méthode de ce type que je connaisse, mais il doit sûrement en exister d'autres)

Sinon, pour commencer par des choses simples, reprendre l'idée du seuillage par analyse d'histo mais sur des espaces colorimétriques différents (HSV, CIELab, AC1C2 etc.).

J'ai déja essayé sur d'autres espaces de couleur, c'est pas vraiment mieux. Mais j'ai trouve une technique à peu près correcte avec un seuillage par entropie (après quelques opérations d'égalisation de l'histo, lissage...). C'est pas la technique ultime mais ca marche à peu près... Mais bon, si quelqu'un trouve quelque chose de terrible, suis preneur ^^

Hough pour trouver des ronds noirs ?

A mon avis hough ne donnera rien de bon sur une image non seuillée

oui oui, je veux dire après seuil, on a tous vu qu'il cherche des points noirs.

différentielle de lhistogramme? il y a 3 maximums locaux autour de la luminosité 0.5 correspondant aux couleurs blanc/rose/violet. ça reste approximatif.

Plutôt que d'utiliser ce buldozer à mouches qu'est hough autant directement implémenter des filtres de convolution dont la forme du noyau est celle de ce qu'on cherche...
Sinon je suis étonné qu'en HSV il n'y ai pas une couche sympa.
Un seuillage par région peut-être sympa aussi, vu que les noyaux ressortent localement.

Merci à tous pour ces réponses ^^ J'ai trouvé un filtre sous imagej, qui me sépare assez bien les fibres, les noyaux et le fond (color deconvolution avec le profile HES car c'est la coloration que j'utilise). Le seuillage est plus facile après.  
 
Je refais de toute façon des acquisitions demain et je vais essayer d'améliorer les qualité à la base, car ici, même avec une bonne segmentation, il reste toujours des parasites qui ne sont pas des noyaux.
 
Merci à tous ^^

salut
 
je viens de voir ton message. moi, j'ai une image en nievau de gris, et
je devrai faire un seuillage pour enlever le contour de l'image qui est
blanc. je voudrai savoir, si tu as utilisé matlab, est ce que tu peux
me passer son code. parce que je ne sais pas encore programmer avec
matlab.
 
merci