A priori, tu as installer ton nouveau Lilo sur la MBR de ta partition, et ton ancien lilo est installé sur la MBR de ton disque (et donc prioritaire). Tu peux le virer en démarrant ta gentoo, en modifiant lilo.conf pour obtenir un parametre Boot Device du genre /dev/hda et non /dev/hda1. Puis tu relance lilo. Et normalement ce devrait etre corrigé.