ben quand ton script démarre, il dépose un fichier temporaire portant par exemple comme nom mrtg_1.$$
$$ étant le pid du process.
Et quand tu check, tu verifies pour tes n fichiers verrous, si les process correspondant sont toujours là. Si non, tu enlèves le fichier, et tu relance le mrtg avec le bon paramètre (grâce au numéro que tu à récupéré sur le nom du fichier).
C'est juste une proposition, je sais pas si c'est la meilleure solution ...