N'y connaisssant rien, voici ma question: si j'utilises par ex. Wine, est-il compatible avec n'importe quel programme tournant sous Fenêtres, ou faut il que le programmateur dudit pg ait fait quelque chose de particulier pour ?

il y en a qui marche et d'autres pas!

Quel intérêt si il faut modifier le programme ?
Non, WinE implémente l'API Win32 sous Unix (x86), ce qui permet aux applis Win32 de s'y retrouver quand elles sont lancés ainsi. Après, évidemment, l'API n'est pas tout-à-fait complète, et donc tous les applis Win32 ne fonctionnent pas forcément. Voir ici pour une liste des applis qui fonctionnent plus ou moins bien.
http://appdb.codeweavers.com/
 
Cela dit, les gars de WinE ont fait un excellent boulot.

Okay, merci les gars ..

et au fait c'est les binaire originaux windows qu'on installe ?

oui. pour l'appli Windows c'est transparent (ou alors elle plante )

Mieux : une fois l'install de l'appli effectuée, dans le menus favoris de Gnome, il y a l'arborescence de l'appli qui a été installée. (favoris>Wine->etc ...