normalement quand tu lances /etc/init.d/mysql start, il le crée automatiquement dans le répertoire spécifié lors de la compilation.
si tu ne sais pas trop ou il le crée, ou si tu veux modifier l'endroit de création du socket, tu peux ajouter --socket=/pat/to/mysql.sock
Si tu veux utiliser mysql avec php, il faut évidemment que php connaisse l'endroit ou mysql.sock est créé.
Tu peux le spécifier dans php.ini
mysql.default_socket=/path/to/mysql.sock
En théorie avec cela tout devrait fonctionner parfaitement.