C'est une bonne idée de vouloir mettre Linux sur un disque externe, ça permettrait notamment de le montrer à droite à gauche pour faire de nouveaux adeptes.
Je pense que c'est possible de faire ça. A partir de Mandrake 9.1, tous les pilotes USB doivent être inclus. Moi j'utilise Mandrake 10.0 avec un noyau version 2.6.2 et mon disque dur externe est détecté dès que je l'allume. Je pense qu'il n'y a donc pas de problème pour installer Linux dessus.
En ce qui concerne le programme d'amorçage (LILO), je pense qu'il y a plusieurs solutions :
soit installer LILO sur le premier secteur du disque principal et choisir sur quel système démarrer. Le problème c'est que le choix va toujours s'afficher pour décoller systématiquement sur Merdows. Par défaut c'est Linux que LILO propose en premier ce qui signifie qu'il faudra peut-être configurer LILO pour proposer Windows et éviter un cafouillage si le disque externe n'est pas présent.
L'autre solution est peut-être d'installer le programme d'amorçage sur une disquette et de changer la séquence de boot de la machine en bootant en premier sur disquette. Comme ça quand tu veux booter sur Linux, il te suffira de mettre ta disquette.
SI tu essaies, tient moi au courant, ça peut être utilise de savoir si ça marche vraiment bien.
PS : Je te conseille Mandrake 10.0, elle s'installe nickel, il suffit de penser à inclure manuellement le package kernel-source qui peut s'avérer plus qu'utile ! ;-)