Ben oui (tu l'as vu passer ?), mais sans réponse... Je vais attendre un peu (j'essaye de me renseigner ailleurs avant de reposter)
C'est Lyx qui gère la compilation LaTeX. Voici le préambule (obtenu en demandant la génération d'un fichier .tex. Si je compile à la main à partir de ce fichier tex, les références sautent, tout comme les notes de bas de page. Il faudrait reprendre le code généré par Lyx pour voir, mais a priori je vois pas pourquoi ça marcherait sans avoir rien changé à la base ??
----------------------------------------------------------------
\documentclass[12pt,oneside,frenchb]{book}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{geometry}
\geometry{verbose,a4paper,tmargin=20mm,bmargin=20mm,lmargin=25mm,rmargin=25mm}
\setcounter{secnumdepth}{3}
\setcounter{tocdepth}{3}
\usepackage{varioref}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{setspace}
\doublespacing
\usepackage[authoryear]{natbib}