Pour ce qui est des graphiques basés sur des données, la solution la plus sérieuse et aboutie est selon moi d'utiliser R + Sweave.
R est un langage/programme de statistiques, qui permet de faire pleins de graphiques avec des fonctions présentes dans les paquets de base.
Sweave est un paquet latex/R qui permet d'intégrer du code R dans le code latex, après une étape de traduction, le document final comprend au choix les résultats, le code ou les figures de R.
C'est une solution longue à apprendre au début, mais une fois qu'on s'y met, on peut plus s'en passer...
R : http://cran.r-project.org/
R pour ubuntu : http://doc.ubuntu-fr.org/r