Tu dois toujours réinstaller tes programmes..
Parcontre, si ils sont bien fait (et c'est le cas généralement), leur configuration est sauvegardée dans le $HOME de ton utilisateur, donc /home/mon_utilisateur (et même généralement c'est un dossier caché commençant par un "." )
Tu peux aussi sauvegarder ton /etc/, c'est là que son les fichiers de configurations généraux..
Si tu veux en apprendre plus sur Slackware, je te conseille le SlackBook et sa traduction française en cours sur www.slack-fr.org