Pour le "not 100% native mode", ne t'inquiète pas
par contre je te conseillerais de rajouter quelques options dans ton bootloader
si c'est lilo, dans lilo.conf sur la ligne "append=", si c'est grub, dans grub.conf sur le ligne kernel :
ide2=autotune ide3=autotune ide2=dma ide3=dma
sinon la config du noyau, c'est le module "siimage" qui s'occupe de ce contrôleur "Silicon Image Chipset Support : This driver provides (U)DMA support for the SII3112 SATA controllers and for the CMD/SI680 UDMA/DMA ATA controller.", l'activation des modules raid ne te servira que si tu exploites justement le raid, pour une utilisation basique tu ne dois pas en avoir besoin
regarde ce que tu as dans /proc/ide, tu dois avoir entre autres :
ide2 (répertoire)
ide3 (répertoire)
siimage
enfin vérifie bien ce que tu as dans ide2 et ide3