le stage 1, pour peu que tu modifies ton /etc/make.conf sera plus optimisé que ton stage 3, mais tu compileras tout :
gcc, glibc, binutils et cie jusqu'a gnome-panel et mplayer
stage 3 : tout est en paquet, optimisé si tu prends la bonne iso pour ton proc ou 686.
apres, pour tu peux recompiler ton systeme en entier en faisant un emerge -e world