Finalement je n'ai pas eu besoin de Ubuntu.
Alors j'explique si ça peut servir à des gens.
Les symptomes étaient :
-Le chargement de Windows aboutissait systématique à un BSOD qui s'affichait quelques micro-secondes ne laissant pas le temps de lire, et était suivi du redémarrage du PC
-Tenter de faire une récupération système avec le CD de Windows aboutissait là aussi à un BSOD qui restait afficher et on pouvait y lire entre autres le nom de fichier "ntfs.sys".
Les utilitaires "hardware" de Ultimate Boot CD ne détectaient rien d'anormal (bah en fait le HDD fonctionnait parfaitement, mais un fichier primordial était corrompu).
La solution a été de télécharger "Hiren's boot CD 9.3", d'aller dans le menu où il y avait marquer entre autre NTFS puis dans le sous menu avec un truc comme "NTFS pro for DOS" (je ne suis plus certain des noms). Attention, le CD n'a accepté de fonctionné correctement qu'avec un lecteur CD en IDE (le graveur que j'avais normalement était en SATA).
Puis ensuite, un chkdsk était proposé et il fallait accepté. Après le chkdsk fait, l'erreur était réparée et le PC était nikel (si ce n'est que Windows m'a demandé de le réactiver mais passons).
Voilà, si ça peut aider des gens ;-)