En gros quand tu as installé ton Windows, le S-ata ET l'IDE étaient branchés (j'en déduit).
Quand Windows trouve un IDE avec un S-ata, même si le S-ata est le DD système, il installe le boot.ini et autres fichiers de démarrage sur l'IDE qui prend souvent la lettre C:.
J'ai eu ce problème, réglé au formatage suivant, en installant Windows avec le S-ata seulement branché, et les IDE aprés l'installation.
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/!\ DO NOT LOOK AT, TOUCH, INGEST OR ENGAGE IN CONVERSATION WITH ANY SUBSTANCES BEYOND THIS POINT. /!\