Bon je viens de passer un bon moment a résoudre ce probleme alors si ca peut aider quelqu'un :
 
J avais des erreurs de réplication DFS entre 2 serveurs AD 2012, ce qui posait parfois des soucis au niveau de l'application des GPO et générait des erreurs cotés client et serveur
Ca a sans doute commencé depuis un rendom
 
J ai d'abord essayé de rétrograder l'AD2 puis de réinstaller le service sur la machine, aucun changement
 
J ai ensuite appliqué cette méthode pour forcer l'AD1 en tant que "authoritative" car dans les log j'ai vu que l'erreur signalait une attende de synchro initiale depuis l'AD1 vers l'AD2 :
 
http://support.microsoft.com/kb/2218556 (2eme partie)
 
Tout s'est bien passé sauf que sur l'AD2 la commande DFSRDIAG POLLAD ne démarrait pas la synchro du "Domain System Volume"
 
Du coup la réplication de SYSVOL ne se faisait pas vers AD2 (pas de NETLOGON et SYSVOL partagés dessus du coup)
 
J ai appliqué cette méthode :
 
http://support.microsoft.com/kb/2663685
 
Avec comme résultat dans le log DFS l'erreur :
 
Le service de réplication DFS a arrêté la réplication sur le dossier au  chemin d’accès local suivant : C:\Windows\SYSVOL\domain. Ce serveur a été déconnecté des autres partenaires pour une période de xxx jours, ce qui représente une période supérieure à celle autorisée par le paramètre MaxOfflineTimeInDays (60). La réplication DFS considère les données de ce dossier comme périmées. Ce serveur  ne répliquera pas dossier tant que cette erreur ne sera pas corrigée.
 
Sur les 2 serveurs AD j'ai ensuite fait :
 
wmic
/namespace:\\root\microsoftdfs path DfsrMachineConfig set MaxOfflineTimeInDays=120
 
Et là il faut absolument redémarrer le service réplication DFS sur les 2 machines pour que le paramètre soit pris en compte
 
Ensuite j'ai refait sur l'AD2 un :
 
wmic
/namespace:\\root\microsoftdfs path DfsrVolumeConfig Where volumeGuid="<GUID of the volume on the upstream server>" call ResumeReplication
 
Et la réplication DFS s'est enfin déroulée correctement et les partages SYSVOL et NETLOGON sont réapparus sur l'AD2
 
Vous pouvez ensuite repasser l'attribut a 60 comme par défaut
 
 

Attention également a bien vérifier le point suivant une fois la manip terminée :
 
"Si la valeur de la sous-clé de Registre StopReplicationOnAutoRecovery est définie sur 0 ou si la sous-clé de Registre StopReplicationOnAutoRecovery n'existe pas, la récupération automatique de la réplication DFS est activée."
 
Le repasser a 0 sur tous les AD et redémarrer le service Serveur DFS