Le problème c'est que le réseau et la plomberie sont 2 choses distinctes.
je ne vois pas comment tu peux sniffer à la fois ton traffic filaire ET ton traffic wifi avec Wireshark. Soit tu sniffes le filaire et tu n'as aucune idée de la nature du réseau après le routeur (wifi ou autre) soit tu sniffes avec une carte wifi en mode monitor et là tu ne vois évidemment pas ton trafic filaire.
Ensuite le routeur ne fait pas qu'aiguiller le trafic d'un tuyau à l'autre. Un routeur, ca route, donc ca intervient au niveau IP -> autrement dit les informations des couches physiques et liaison (ethernet par ex) sont perdues au moment du routage. De plus, des champs du paquet IP sont altérés (ttl etc).
Ensuite, les routeurs domestiques et autres boxes de FAI sont des assemblages plutôt hétérogènes. Ils peuvent contenir plusieurs interfaces physiques (ethernet, adsl, wifi, etc), chacune étant distincte et pouvant proposer ses services propres (dhcp LAN, dhcp WLAN, etc) ... ou pas. Cela varie grandement. Le mien par exemple unifie les interfaces LAN et WLAN sans que cela soit expressément décrit: un seul service DHCP par exemple. Autre exemple, de mon LAN je suis à 1 seul hop de mes équipements WIFI. Par contre, vers l'extérieur, le vrai routage entre en jeu et mon premier hop sera avec mon routeur et non pas mon ISP.
Enfin, il est tout à fait possible de filtrer sur la couche 2 avec wireshark ou tshark (cf filtres http://www.wireshark.org/docs/dfref/ par ex wlan.addr pour le field MAC de la couche 80211).