C'est pas grave,
moi aussi j'ai un multiboot
Win98 est sur le premier disque dur
Win2000 sur le second disque dur
Il suffit juste de modifier cette ligne dans le boot.ini:
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)
il faut remplacer quelques 0 par des 1 ou l'inverse.
Fais des tests pour voir.