Ca ne change rien au niveau de la compatibilité avec les jeux (en fait ils ignorent qu'ils sont sur du FAT, FAT32 ou NTFS, tous leurs appels passent par le système d'exploitation).
Par contre tu ne pourras pas avoir un multiboot 98 / 2000, car 98 ne reconnaît pas le NTFS.
Ensutie nullement besoin de formater, un utilitaire qui conserve les fichiers est fourni avec Windows 2000 (on est jamais trop prudent alors enregistre tes fichiers importants sur un media séparé).
CONVERT C: /FS:NTFS /V
la commande ci-dessus converti le lecteur C: en NTFS. Cette opération n'est pas réversible (donc tu ne pourras plus avoir de FAT32 à moins de reformater)
Ensuite tu auras accès à l'onglet security pour les répertoire et tu pourras facilement interdire l'accès à certains répertoires.