Un formatage suffit et effectivement vu que il n'y aura plus de fichiers sur la partition, il n'y aura plus de fragmentation.
Après si il s'agit juste d'un soucis de fragmentation un défragmenteur permettera de résoudre le problème, ou simplement couper - coller les fichiers vers un autre disque et ensuite les retransférer sera tout aussi efficace.