Soit tu ne t'exprimes pas bien, soit je suis à la masse (ou les deux), en tout cas je ne comprends pas bien tes questions ...
Ton deuxième fichier bat eh bien tu le lances comme tu lances tout fichier bat, en double cliquant dessus, en le lançant via un script, en le mettant dans le menu "Démarrage" ("Startup" ) de ton user, tous les choix habituels !