C'est pas qu'une question de fichier je pense...
Windows ne se contente pas de ca, il y a tout un tas de fichier qui sont parametre pour lui dire que le boot se fait sur la premiere partition du disque trucmuche. Si ca ca change, il faut que tu modifie tous ces fichiers et la bon courage.
Je me suis jamais lancé dans ce genre de manip et je peux donc pas t'aider... Simplement te prevenir que j'espere que tu as du temps devant toi.