Le problème avec dd c'est qu'il fait une copie brute de la partition ou du disque.
Donc les zones non utilisées sont également copiées, les partitions ne sont pas retaillées à la taille de la destination, etc.
Enfin je pense qu'une copie de disque faite avec dd doit pouvoir fonctionner, pour peu que les secteurs d'amorce ne soient pas gênés par une géométrie de disque différente.
Sinon dans les outils GNU il y a parted qui est à priori fait pour ça...