un petit os sur le hd portable c'est faisable mais ça implique que tu bootes sur ce hd. alors oui, on peut demarrer un antivirus, mais je doute que ce soit ce que tu recherches.
un antivirus qui se lance seul, c'est impossible.
soit l'os le lance, soit tu t'en charges.
il y a donc un laps de temps avant que l'antivirus ne soit lancé, tes donnees sont temporairement "sensibles".
soit tu utilises un periph en lecture seule, soit tu acceptes que tes donnees puissent etre contaminées.
dans ton cas, et si tu n'es pas certains de revenir chez toi pour faire un scan du disque, je conserverais les donnees chez moi (copie de sauvegarde quoi) et je rajouterais un antivirus type dos pour lancer un scan complet au besoin et eviter d'etre montré comme le vecteur de contamination.
tu peux aussi verrouiller dossiers et fichiers en lecture seule, meme si je doute que ce soit une mesure reellement efficace.