Gratuit : ntbackup (sous win 2003)
sinon il y en a pleins en payant : backupexec, dpm etc.
Tu ajoutes tes 2 domaines en autoritaire et tu ajoutes les adresses à tes users (soit manuellement soit via les stratégies d'adresses). Tu peux en configurer qu'une seule en adresse "sortante", celle par défaut.
Powershell avec le snapin, les outils quest, et surement d'autres. Tout dépend de ce que tu veux faire parce que de base on peut faire pas mal de chose.